La DRCQ est une direction rattaché au sécrétariat général du Ministère de l'Agriculture et du développement rural. A sa création, elle avait pour mission d'apporter une expertise dans la mise en place des cadres règlementaires en matière d'intrants et de produit agricole. Aujourd'hui, elle étend son expertise dans la production des certificats phytosanitaires et la mise en oeuvre des projets nationaux appuyés par des partenaires.

Aujourd'hui la mission de la DRCQ est d'améliorer la qualité des intrants et des produits agricoles destinés non seulement à l'étranger, mais aussi aux autres régions du territoire nationale.